Οι Κρητικοί μετά την επιστροφή της Κρήτης από την ιδιοκτησία της Αιγύπτου στην Οθωμανική Αυτοκρατορία εξεγείρονταν συνεχώς με εθνικά, κοινωνικά και οικονομικά αιτήματα. Το 1841 ξέσπασε το Κίνημα του Χαιρέτη και το 1858 το Κίνημα του Μαυρογένη, με το οποίο οι Κρήτες πέτυχαν να κατέχουν ελεύθερα όπλα, να ασκούν τη λατρεία και να γίνεται σεβαστή η θρησκεία τους, καθώς και τη σύσταση Χριστιανικών Δημογεροντιών που είχαν αρμοδιότητα σε θέματα παιδείας, κοινωνικής πρόνοιας, κληρονομικού και οικογενειακού δικαίου, και ακολούθησε η επανάσταση του 1866-1869. Η επανάσταση του 1877-1878, έφερε την Σύμβαση της Χαλέπας. Σύμφωνα με τη Σύμβαση, η Κρήτη αποχωριζόταν από την λοιπή Οθωμανική Αυτοκρατορία, θα διοικούνταν από τη Γενική Διοίκηση Κρήτης και της παραχωρούνταν ορισμένα προνόμια, μεταξύ των οποίων και η σύσταση Φιλεκπαιδευτικών Συλλόγων και η έκδοση εφημερίδων καθώς και να αστυνομεύεται μόνο από Κρητικούς.
Το 1889 η Οθωμανική Αυτοκρατορία περιόρισε σημαντικά τα προνόμια των Κρητών μετά την επανάσταση που ξέσπασε με πρωτοβουλία των ηγετών του συντηρητικού κόμματος (καραβανάδων) και ανέθεσε στον συνταγματάρχη Ταξίν την αστυνόμευση της Κρήτης θέτοντας τον επικεφαλής σώματος 200 ανδρών που στρατολογήθηκαν στην Μακεδονία. Η επανάσταση του 1889 καταπνίγηκε μετά από ένα οκτάμηνο. Στις 3 Σεπτεμβρίου 1895 ξέσπασε νέα επανάσταση αλλά οι σφαγές των Οθωμανών δεν σταμάτησαν και στις 11 Μαΐου 1896 ο χριστιανικός πληθυσμός των Χανίων, ο οποίος αποτελούσε μειονότητα στην πόλη, υπέστη μεγάλη σφαγή, όπως και τον επόμενο χρόνο 1897, οπότε και πυρπολήθηκαν και τα κοινοτικά καταστήματα απέναντι από τον καθεδρικό ναό, που περιλάμβαναν το επισκοπικό μέγαρο και το παρθεναγωγείο. Τότε ξέσπασε η Επανάσταση του 1897-1898. Η αποστολή ελληνικών στρατευμάτων στο νησί οδήγησε στον Ελληνοτουρκικό πόλεμο του 1897 κατά τον οποίο τα οθωμανικά στρατεύματα νίκησαν κατά κράτος τα αντίστοιχα ελληνικά στο Θεσσαλικό μέτωπο, συνθηκολόγηση της Ελλάδος και φυσικά απόσυρση οποιασδήποτε βοήθειας ή υποστήριξης προς την Κρήτη.
Τον Σεπτέμβριο του 1908 ο αυτοκράτορας της Αυστρουγγαρίας ανακοίνωσε την προσάρτηση της Βοσνίας - Ερζεγοβίνης και ο ηγεμόνας της Βουλγαρίας την ανεξαρτησία της. Οι Κρητικοί δεν έχασαν την ευκαιρία. Στις 24 Σεπτεμβρίου 1908 ξέσπασε επανάσταση στο νησί. Χιλιάδες πολίτες των Χανίων και των γύρω περιοχών την ημέρα αυτή συγκρότησαν συλλαλητήριο, στο οποίο ο Βενιζέλος κήρυξε την οριστική ένωση της Κρήτης με την μητέρα Ελλάδα. Έχοντας συνεννοηθεί με την ελληνική κυβέρνηση, ο Ζαΐμης αναχώρησε για την Αθήνα πριν από το συλλαλητήριο. Συγκλήθηκε η συνέλευση και κήρυξε την ανεξαρτησία της Κρήτης, η σημαία της κρητικής πολιτείας υποστάλληκε για να δώσει την θέση της στην ελληνική, οι δημόσιοι υπάλληλοι ορκίσθηκαν πίστη στον βασιλιά Γεώργιο Α΄ της Ελλάδας, ενώ διορίστηκε πενταμελής εκτελεστική επιτροπή με την εντολή να κυβερνήσει το νησί εν ονόματι του βασιλιά των Ελλήνων και σύμφωνα με τους νόμους του ελληνικού κράτους. Πρόεδρος της επιτροπής ήταν ο Μιχελιδάκης με τον Βενιζέλο υπουργό Εξωτερικών και Δικαιοσύνης. Τον Απρίλιο του 1910 συγκλήθηκε νέα συνέλευση, της οποίας ο Βενιζέλος εκλέχθηκε πρόεδρος ενώ κατόπιν έγινε πρωθυπουργός. Όλα τα ξένα στρατεύματα έφυγαν από την Κρήτη και η εξουσία περιήλθε εξ ολοκλήρου στην κυβέρνηση Βενιζέλου.
Η ελληνική κυβέρνηση, για να αποφύγει την τουρκική, αλλά και τις διεθνείς αντιδράσεις, δεν προχώρησε στην επίσημη αναγνώριση της Ένωσης. Αργότερα ο Βενιζέλος έφυγε από την Κρήτη για την Αθήνα, όπου έγινε πρωθυπουργός της Ελλάδας. Το 1911 οργανώθηκαν ένοπλες λαϊκές συγκεντρώσεις, που έγιναν εντονότερες με την άρνηση του Βενιζέλου να δεχτεί την είσοδο των Κρητών βουλευτών στο Ελληνικό Κοινοβούλιο, πράγμα που δεν επέτρεπαν οι συνθήκες. Με την έναρξη των Βαλκανικών πολέμων το 1912, η Ελληνική Βουλή έκανε δεκτούς τους Κρήτες βουλευτές με ενθουσιασμό και θερμές εκδηλώσεις.
Η οριστική λύση του Κρητικού ζητήματος δόθηκε στη διάρκεια των Βαλκανικών πολέμων, το Φλεβάρη του 1913. Με τη Συνθήκη του Λονδίνου, το Μάιο του 1913, παραχωρήθηκε η Κρήτη στην Ελλάδα. Η ένωση έγινε με επίσημη τελετή στο φρούριο Φιρκά στις 1 Δεκεμβρίου 1913. Τέλος, το 1923, με την ανταλλαγή των πληθυσμών, έφυγαν και οι τελευταίοι Μουσουλμάνοι κάτοικοι του νησιού για την Μικρά Ασία.
