Ο Θεόδωρος Πάγκαλος έλαβε μέρος στο Κίνημα του 1909 ως ένα από τα πιο ενεργά μέλη του Στρατιωτικού Συνδέσμου και στους Βαλκανικούς Πολέμους του 1912-13. Το 1916 υποστήριξε τον Ελευθέριο Βενιζέλο στη διαμάχη του με τον βασιλιά Κωνσταντίνο και ανταμείφθηκε με σημαντική θέση στο Υπουργείο Πολέμου. Μετέσχε στη Μικρασιατική Εκστρατεία ως Επιτελάρχης, αλλά το 1920 αποστρατεύτηκε με το βαθμό του υποστρατήγου, όταν οι «κωνσταντινικοί» ήλθαν στην εξουσία.
Το 1922 υποστήριξε την Επανάσταση Πλαστήρα, που κατήργησε τη Μοναρχία και ανακήρυξε τη Β' Ελληνική Δημοκρατία. Έπαιξε σημαντικό ρόλο στην επικράτησή της, αν και απόστρατος, καθώς ηγήθηκε των δυνάμεων που κατέλαβαν την Αθήνα. Επανελθών εις την ενεργό υπηρεσία, ανέλαβε διοικητής στη Στρατιωτική Σχολή Ευελπίδων και στη συνέχεια την προεδρία της ανακριτικής επιτροπής για τους υπευθύνους της Μικρασιατικής Καταστροφής, που οδήγησε στη «Δίκη των 6».
Το Νοέμβριο του 1922 ανέλαβε για ένα μήνα το Υπουργείο Στρατιωτικών στην κυβέρνηση Γονατά και στη συνέχεια τοποθετήθηκε διοικητής της νεοσύστατης Στρατιάς του Έβρου. Εργάσθηκε υπεράνθρωπα, και συντόμου χρονικού διαστήματος κατόρθωσε να τη μετατρέψει σε μια αξιόμαχη μονάδα, ενόψει της επικείμενης Συνθήκης της Λωζάνης, που θα καθόριζε, μεταξύ άλλων, και την έκταση του ελληνικού κράτους.
Ο Πάγκαλος αντιτάχθηκε στη Συνθήκη της Λωζάνης, καθώς επιθυμούσε να επιτεθεί στην Τουρκία και να φθάσει ως την Κωνσταντινούπολη. Εξαναγκάστηκε σε παραίτηση, αλλά η σθεναρή στάση του τον έκανε δημοφιλή σε μεγάλο τμήμα του στρατού. Επανήλθε στο στράτευμα για την καταστολή του αντιβενιζελικού κινήματος των Λεοναρδόπουλου - Γαργαλίδη (22 Οκτωβρίου 1923).
Σε μια περίοδο έντονης κυβερνητικής αστάθειας, ο Πάγκαλος αποφάσισε να βάλει τη δική του σφραγίδα στα πολιτικά πράγματα της χώρας. Στις εκλογές της 16ης Δεκεμβρίου 1923 εξελέγη βουλευτής Θεσσαλονίκης με το Δημοκρατικό Κόμμα του Αλέξανδρου Παπαναστασίου, το οποίο ανέλαβε την εξουσία στις 12 Μαρτίου 1924. Ο Θεόδωρος Πάγκαλος έγινε Υπουργός Εννόμου Τάξεως και μετά δύο μήνες ανέλαβε το Υπουργείο Στρατιωτικών. Παραιτήθηκε στις 26 Ιουλίου, όταν την πρωθυπουργία ανέλαβε ο Θεμιστοκλής Σοφούλης, τον οποίο διαδέχθηκε ο Ανδρέας Μιχαλακόπουλος στις 27 Οκτωβρίου 1924.
Στις 25 Ιουνίου 1925 ο Θεόδωρος Πάγκαλος ηγήθηκε στρατιωτικού πραξικοπήματος και ανέτρεψε την κυβέρνηση Μιχαλακόπουλου, με το επιχείρημα ότι η χώρα πήγαινε από το κακό στο χειρότερο, εξαιτίας της πολιτικής αστάθειας. Από την πρώτη στιγμή, δεν έκρυψε τις προθέσεις του: «Είμεθα κατάστασις. Δι' ημάς δεν υπάρχει Βενιζελισμός και Κωνσταντινισμός, διότι δεν υπάρχουν πλέον τα εκπροσωπούντα τα δύο ταύτα κόμματα, πρόσωπα. Ο μεν Βενιζέλος απέθανε πολιτικώς, ο δε Κωνσταντίνος φυσιολογικώς».
Κατόρθωσε να λάβει ψήφο εμπιστοσύνης από τη Βουλή και σχημάτισε επιτροπή για τον καταρτισμό νέου Συντάγματος. Το νέο Σύνταγμα ψηφίσθηκε στις 10 Σεπτεμβρίου 1925, αλλά δημοσιεύτηκε ουσιωδώς τροποποιημένο από τον ίδιο στις 29 Σεπτεμβρίου 1925. Την ίδια ημέρα διέλυσε τη Βουλή, επειδή «είχε εκπέσει στη συνείδηση του έθνους», όπως δήλωσε.
Σχεδόν αμέσως άρχισαν οι διώξεις όσων αμφισβητούσαν την εξουσία του. Το νεοσύστατο, τότε, ΚΚΕ μπήκε από τους πρώτους στο στόχαστρο, όπως και το παλιό του αφεντικό, ο στρατηγός Πλαστήρας. Ο Τύπος τέθηκε υπό αυστηρό καθεστώς λογοκρισίας και δημοσιογράφοι οδηγήθηκαν στη φυλακή. Ψηφίστηκε μια σειρά από καταπιεστικούς νόμους, με χαρακτηριστικότερη τη διάταξη που προέβλεπε ότι το μήκος της φούστας των γυναικών δεν επιτρεπόταν να ξεπερνά τους 30 πόντους από το έδαφος. Ο στρατηγός μπορεί να ήταν ένας άριστα καταρτισμένος αξιωματικός και ικανότατος επιτελής, αλλά υπήρξε ακραίος και οξύς στις ενέργειές του, παρασυρόμενος από την έντονη ιδιοσυγκρασία του.
Ο Θεόδωρος Πάγκαλος προκήρυξε εκλογές για τις 7 Μαρτίου 1926, οι οποίες δεν πραγματοποιήθηκαν ποτέ, γιατί εν τω μεταξύ είχε κηρύξει απροκάλυπτα δικτατορία (4 Ιανουαρίου 1926). Στις 19 Μαρτίου ο ναύαρχος Παύλος Κουντουριώτης υπέβαλε την παραίτησή του από την Προεδρία της Δημοκρατίας. Ο Πάγκαλος προκήρυξε αμέσως προεδρική εκλογή και εκτέθηκε ο ίδιος ως υποψήφιος, με αντίπαλο τον καθηγητή της Νομικής Κωνσταντίνο Δεμερτζή, της συνασπισμένης αντιπολίτευσης. Όταν ο Δεμερτζής αποσύρθηκε από την εκλογή, καθώς τα κόμματα που τον υποστήριζαν διέρρηξαν το συνασπισμό τους, ο Πάγκαλος παρέμεινε μοναδικός υποψήφιος κι εξελέγη Πρόεδρος της Δημοκρατίας στις 5 Απριλίου 1926, διατηρήσας παράλληλα και την Πρωθυπουργία. Στις 19 Ιουνίου, για να δώσει επίφαση νομιμότητας στο καθεστώς του, έχρισε πρωθυπουργό τον Αθανάσιο Ευταξία.
Ο Πάγκαλος έδειξε αξιοσημείωτη πολιτική και διπλωματική ανεπάρκεια κατά τη διάρκεια της εξουσίας του. Χαρακτηριστικό παράδειγμα, ο βραχύβιος Ελληνουβουλγαρικός Πόλεμος (18 - 22 Οκτωβρίου 1925), «Το Επεισόδιο του Πετριτσίου», όπως έμεινε στην ιστορία, που στοίχισε στη χώρα μας μια καταδίκη από την Κοινωνία των Εθνών και την καταβολή χρηματικής αποζημίωση στη Βουλγαρία.
Η κατάσταση είχε φθάσει στο απροχώρητο με την ουσιαστική κατάργηση της μονιμότητας των δημοσίων υπαλλήλων, αλλά και την κακή κατάσταση της οικονομίας. Τα σφάλματα στον τομέα της εξωτερικής πολιτικής, η εσωτερική κακοδιοίκηση και οι ποικίλες ατασθαλίες από το περιβάλλον του δικτάτορα, όπως και η στροφή του στον αντιβενιζελικό κόσμο, σφράγισαν την τύχη του καθεστώτος. Στις 24 Αυγούστου 1926 ο Πάγκαλος ανετράπη, όχι από τους βενιζελικούς, όπως θα ανέμενε κανείς, αλλά πρωτίστως από τους πραιτοριανούς του καθεστώτος του. Το αντιπραξικόπημα, υπό την ηγεσία του Κονδύλη, τον βρήκε να παραθερίζει ξένοιαστο στις Σπέτσες.
Ο Πάγκαλος έμεινε στη φυλακή Ιτζεδίν της Κρήτης για δύο χρόνια κι αφέθηκε ελεύθερος στις 10 Ιουλίου 1928, με την αμνηστία που χορήγησε ο Ελευθέριος Βενιζέλος, όταν ανέλαβε και πάλι την πρωθυπουργία. Από το 1928 ιδιώτευσε και δεν έπαιξε έκτοτε κανένα ρόλο στα πολιτικά πράγματα της Ελλάδας, παρά μόνο το 1950, όταν κατήλθε υποψήφιος βουλευτής, αλλά δεν εξελέγη. Πέθανε στην Κηφισιά στις 27 Φεβρουαρίου 1952.
Επί της διακυβέρνησής του δημιουργήθηκε η Αεροπορική Άμυνα, ένα ταμείο για τη συγκρότηση της Πολεμικής Αεροπορίας, η Σιβιτανίδειος Σχολή, το Ελληνικό Μελόδραμα (πρόδρομος της Λυρικής Σκηνής). Θεμελιώθηκε το Μέγαρο του Μετοχικού Ταμείου Στρατού επί της οδού Πανεπιστημίου (εμπορικό κέντρο σήμερα), ενώ ιδρύθηκε και λειτούργησε η Ακαδημία Αθηνών, με πρωτοβουλία του επί της Παιδείας Υπουργού του, Δημητρίου Αιγινήτη.
Ο Θεόδωρος Πάγκαλος απέκτησε δύο τέκνα. Τον υποναύαρχο Θησέα Πάγκαλο και τον αξιωματικό της Αεροπορίας Γεώργιο Πάγκαλο. Γιος του Γεωργίου και εγγονός του δικτάτορα είναι ο δικηγόρος - οικονομολόγος Θεόδωρος Πάγκαλος (1938), ηγετικό στέλεχος του ΠΑΣΟΚ, βουλευτής και πρώην υπουργός Εξωτερικών.
