Είναι μία από τις τρεις επαγγελματικές ομάδες του Μονάχου. Οι άλλες δύο είναι η μεγάλη της αντίπαλος Μόναχο 1860 και η Ουντερχάχινγκ. Η κόντρα Μπάγερν - Μόναχο 1860, που έθρεψε γενιές ποδοσφαιρόφιλων στη βαυαρική πρωτεύουσα, έχει ατονήσει τα τελευταία χρόνια. Η Μόναχο 1860 από τους τίτλους και τη δόξα της δεκαετίας του '60 έχει περιπέσει σε αφάνεια και φυτοζωεί μεταξύ πρώτης και δεύτερης κατηγορίας, ενώ η Μπάγερν έχει ξεφύγει προ πολλού από τα όρια της Γερμανίας. Ένα στοιχείο που φωτίζει την κατάσταση των δύο ομάδων σήμερα είναι ότι η 1860 αντλεί τους οπαδούς της από τη φθίνουσα εργατική τάξη του Μονάχου, ενώ η Μπάγερν από την ακμάζουσα μεσαία τάξη ολόκληρης της Βαυαρίας.
Η Μπάγερν έχει 120.000 μέλη και είναι 5η στη σχετική λίστα μετά την Μπενφίκα, τη Ρεάλ, τη Μάντσεστερ Γιουνάιτεντ και την Μπαρτσελόνα. Την εποπτεία του ποδοσφαιρικού τμήματος έχει η ΠΑΕ Μπάγερν, που ανήκει κατά 90% στην ερασιτεχνική Μπάγερν και κατά 10% στη γνωστή εταιρεία αθλητικού υλικού «Αντίντας». Εκτός από το ποδόσφαιρο, η Μπάγερν έχει τμήματα μπάσκετ, χάντμπολ, γυμναστικής, πινγκ-πονγκ, ζατρικίου και μπόουλινγκ.
H Μπάγερν έκανε αισθητή την παρουσία της στο γερμανικό ποδόσφαιρο μόλις το 1932, όταν κατέκτησε τον πρώτο της τίτλο. Πέρασαν 25 «πέτρινα χρόνια» μέχρι το 1957, για να σηκώσουν οι «κόκκινοι» του Μονάχου το πρώτο τους Κύπελλο. Στα χρόνια του Γ' Ράιχ, η ομάδα περιέπεσε σε δυσμένεια, εξαιτίας του εβραίου προέδρου της Κουρτ Λαντάουερ, του ανθρώπου που την έβγαλε από την αφάνεια. Ο Λαντάουερ διέφυγε στο εξωτερικό και επανήλθε στο Μόναχο το 1947 για να συνεχίσει το έργο του. Μέχρι τη δημιουργία της «Μπουντεσλίγκα», το 1963, η Μπάγερν βολόδερνε στα τοπικά πρωταθλήματα της Βαυαρίας.
Ο τότε πρόεδρος της ομάδας Βίλχελμ Νοϊντέκερ και ο γνωστός μας από τη θητεία του στην ΑΕΚ προπονητής Ζλάτκο Τσαϊκόφσκι κατέστρωσαν ένα φιλόδοξο πλάνο και δημιούργησαν τη σημερινή παντοκρατορία της Μπάγερν στο γερμανικό ποδόσφαιρο. Στηρίχθηκαν σε μια φουρνιά ταλαντούχων πιτσιρικάδων, με επικεφαλής τους Φραντς Μπεκενμπάουερ (σημερινός πρόεδρος της ομάδας), Ζεπ Μάγιερ και Γκερντ Μίλερ. Τα αποτελέσματα ήρθαν γρήγορα, με αποκορύφωμα τα τρία συνεχόμενα Κύπελλα Πρωταθλητριών, στα μέσα της δεκαετίας του '70.
Εκτός των ανωτέρω, από τις τάξεις της Μπάγερν έχουν περάσει σπουδαίοι ποδοσφαιριστές, όπως οι Αουγκεντάλερ, Ρουμενίγκε, Χένες, Μπρέμε, Ματέους, Έλμπερ, Μπράιτνερ, Κλίνσμαν, Έφενμπεργκ, Ζε Ρομπέρτο, Λιζαραζού, Μπάλακ και οι σύγχρονοι Καν, Λούσιο, Πισάρο, Ποντόλσκι, Σανιόλ, Χάργκριβς και Σολ.
Η Μπάγερν στα υπερεκατό χρόνια της ύπαρξής της έχει κατακτήσει:
* 21 πρωταθλήματα Γερμανίας (1932, 1969, 1972, 1973, 1974, 1980, 1981, 1985, 1986, 1987, 1989, 1990, 1994, 1997, 1999, 2000, 2001, 2003, 2005, 2006, 2008)
* 14 Κύπελλα Γερμανίας (1957, 1966, 1967, 1969, 1971, 1982, 1984, 1986, 1998, 2000, 2003, 2005, 2006, 2008)
* 4 Κύπελλα Πρωταθλητριών/Τσάμπιονς Λιγκ (1974, 1975, 1976, 2001)
* 1 Κύπελλο Κυπελλούχων (1967)
* 1 Κύπελλο ΟΥΕΦΑ (1996)
* 2 Διηπειρωτικά (1976, 2001)
