Το 1978 είναι η μεγάλη χρονιά για τον 58χρονο Βοϊτίγα. Συμμετέχει για πρώτη φορά στο κονκλάβιο του Βατικανού, για την εκλογή νέου Πάπα. Είναι ο Ιωάννης Παύλος Ι, ο οποίος θα μείνει στο θρόνο του Βατικανού μόλις 33 μέρες. Θα πεθάνει στις 28 Σεπτεμβρίου, κάτω από μυστηριώδεις συνθήκες. Δεύτερο κονκλάβιο την ίδια χρονιά για τον πολωνό ιερωμένο και ούτε που του είχε περάσει από το μυαλό ότι στις 16 Οκτωβρίου θα εκλεγόταν Πάπας με το θρησκευτικό όνομα Ιωάννης Παύλος ΙΙ, προς τιμήν του αποθανόντος προκατόχου του.
Η εκλογή του εξέπληξε, όχι μόνο τον ίδιο, αλλά και ολόκληρο τον κόσμο. Ήταν ο πρώτος μη ιταλός Πάπας τα τελευταία 500 χρόνια και ο πρώτος από χώρα της Ανατολικής Ευρώπης. Η εκλογή του ήταν προϊόν συμβιβασμού ανάμεσα στους εκλέκτορες - καρδινάλιους, που είχαν να επιλέξουν μεταξύ δύο Ιταλών, τον συντηρητικό αρχιεπίσκοπο της Γένουας Τζουζέπε Σίρι και τον φιλελεύθερο ομόλογό του της Φλωρεντίας Τζιοβάνι Μπενέλι.
Ο νέος Πάπας προκαλεί το θαυμασμό των Δυτικών και το φθόνο των Ανατολικών, όταν αναλαμβάνει πρωτοβουλίες υπέρ των καταπιεσμένων κατοίκων των κομμουνιστικών χωρών. Είναι συντηρητικός στα δογματικά θέματα, αντιτίθεται στη χειροτονία των γυναικών και τις αμβλώσεις και είναι ιδιαίτερα επικριτικός με τους εκπροσώπους της Θεολογίας της Απελευθέρωσης, που συσπειρώνει αριστερούς θεολόγους και ιερωμένους κυρίως από την Λατινική Αμερική.
Το 1995 με την εγκύκλιο «Το Ευαγγέλιο της Ζωής» θα καταφερθεί για μια ακόμη φορά κατά των αμβλώσεων, της ευθανασίας και της θανατικής ποινής, που συγκροτούν κατ' αυτόν τον «πολιτισμό του θανάτου». Οι απόψεις του για τη θανατική ποινή, την άρση των χρεών του Τρίτου Κόσμου και η υποστήριξη των φτωχών, είναι φιλελεύθερες, δείχνοντάς μας ότι οι ταμπέλες «συντηρητικός» και «φιλελεύθερος» δύσκολα ταιριάζουν σε θρησκευτικούς ηγέτες. Απόδειξη αυτού είναι ότι η Αυτού Αγιότης Του αντιτάχθηκε στην αμερικανική εισβολή στο Ιράκ το 2003.
Ο Ιωάννης Παύλος ΙΙ θεωρείται ο πιο πολυταξιδεμένος Πάπας στην ιστορία της Δυτικής Χριστιανοσύνης. Από τις πρώτες μέρες στον παπικό θρόνο προσπάθησε να χτίσει γέφυρες φιλίας και αλληλοκατανόησης μεταξύ λαών και ανθρώπων. Σ' αυτό το πλαίσιο εντάσσεται και η επίσκεψή του στην Αθήνα στις 4 Μαΐου 2001, η πρώτη της Ρωμαιοκαθολικής Εκκλησίας στην Ελλάδα μετά το Σχίσμα, που τόσες αντιδράσεις προκάλεσε μεταξύ των ημετέρων ορθοδόξων ιερωμένων.
Στις 13 Μαΐου του 1981, ο Ποντίφικας έπεσε θύμα δολοφονικής επίθεσης από τον τούρκο «Γκρίζο Λύκο» Μεχμέτ Αλί Αγκτζά στην Πλατεία του Αγίου Πέτρου στη Ρώμη. Η επίθεση, που από πολλούς αποδίδεται σε σοβιετικό δάκτυλο, παραλίγο να του στοιχίσει τη ζωή. Του άφησε, όμως, σοβαρά προβλήματα υγείας, που τον ταλάνιζαν έως το θάνατό του, στις 2 Απριλίου του 2005.
